AquaTechnica publica artículos, notas o comunicaciones cortas, ensayos, manuales técnicos y revisiones. Los artículos son publicaciones científicas de investigaciones experimentales. Las notas son comunicaciones cortas sobre un tópico específico, en ocasiones informando sobre los resultados parciales de una investigación, o bien una invención o mejora técnica. Los ensayos son comunicaciones breves con un enfoque crítico sobre un tema ancestral o novedoso basándose en datos oficiales o provenientes de publicaciones científicas. Los manuales técnicos son publicaciones que exponen, de forma estandarizada, técnicas de cultivo o de metodologías para el desarrollo de la acuicultura. Las revisiones son comunicaciones de un determinado tema de interés para la revista, solicitadas por el comité a un investigador que tiene una amplia trayectoria reflejada en sus publicaciones. No obstante, si un investigador requiere publicar una revisión, puede someter el tópico o tema junto con un resumen al comité editorial, para su consideración.

AquaTechnica podrá publicar números especiales provenientes de temáticas específicas o de eventos académico-científicos de acuicultura, para ello se nombraría un comité pertinente para la evaluación de los manuscritos.